Выплачиваются ли суточные и квартирные во время прогула?

Вы серьезно хотите получить компетентный ответ от незнакомых людей в интернете? 

Смотрите, заходите сюда, оформляете бесплатный доступ на 2 дня ко всей базе знаний Консультант + и за это время находите и ответ на свой вопрос, и судебную практику, и все формы документов с примерами заполнения, какие вам только понадобятся.

Нигде не находил факт прогула как основание для того, чтобы не оплачивать расходы, связанные с командировкой. Лучше выплатить, а потом решить вопрос с дисциплинарной ответственностью, а возможно и изучить, не было ли нецелевого использования средств